原料药结构确证主要采用波谱分析方法，包括IR、UV、NMR、MS，结合经典的理化分析和元素分析。需要时还应增加其它方法，如差热分析、热重分析、粉末X-射线衍射等。手性药物的构型确证，可采用单晶X-射线衍射、旋光光谱（ORD）、圆二色谱（CD），以及化学方法。

        基本原则是，提供充分的试验数据和图谱，正确进行解析，能够确凿证明药物分子的结构。

        一类新药按全新化学单体要求确证结构。应提供充分的试验图谱和数据，完成必要的各项测试，按新化合物要求进行图谱解析和综合解析。二类、四类新药指已知化学结构的药物，可以使用对照品。

       原则上对确证结构的各项资料和图谱数据的要求可比一类新药简略一些。 手性药物除已述各项分子化学结构确证工作外，要求提供相应图谱和/或数据，以证明测试样品是单一光活体或立体异构体混和物，以及混合物的组成情况和比例。 单一光活体应确证其**构型，可以选择方法是单晶X—射线衍射（SXRD）。

       也可选用其它合适方法，如旋光光谱（ORD），圆二色谱（CD）以及化学方法。已知的起始原料构型和化学合成方法的立体选择性也可以作为证据。 外消旋体或立体异构混合物。当分子中有多个手性中心（手性轴、手性平面）时，也应确证各组分构型（或相对构型），并测定各立体异构体的比例。